Projeto Temático é uma das principais modalidades de auxílio mantidas pela Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de S. Paulo (Fapesp). Conforme consta no site da Fapesp, essa linha "destina-se a apoiar propostas de pesquisa com objetivos suficientemente ousados, que justifiquem a duração de até cinco anos e as condições especialmente favorecidas de apoio e financiamento". Até o momento, o FOCUS abrigou dois projetos temáticos:
Projeto temático Fapesp: Circulação internacional e formação dos quadros dirigentes brasileiros
Processo Fapesp: 06/56499-0. Vigência: 01/04/2007 a 31/03/2012
Pesquisador responsável: Letícia Bicalho Canêdo
Pesquisadores principais: Agueda Bittencourt; Ana Maria F. Almeida
Equipe de pesquisa: -
Projeto temático Fapesp: Congregações católicas, educação e Estado Nacional no Brasil (1840-1950)
Processo Fapesp: 11/51829-0. Vigência: 01/04/2012 a 31/08/2017
Pesquisador responsável: Agueda Bittencourt
Pesquisador responsável: Agueda Bittencourt
Pesquisadores principais: Maria Lucia Spedo Hilsdorf
Equipe de pesquisa: Vinicius Wohnrath, Paula Leonardi, Ângela Xavier de Brito, Rebecca Rogers, Ernesto Seidl, Guilherme Arduini, Diego Omar, Marcos Mekaru, Maria Ap. Custódio, Rodolfo de Roux